Κατά τη διάρκεια των αιώνων, η Νάξος πέρασε υπό βυζαντινή κυριαρχία, ενώ παράλληλα δεχόταν συνεχείς επιδρομές από τους Σαρακηνούς. Την περίοδο αυτή δημιουργήθηκαν οι περισσότεροι από τους σημερινούς παραδοσιακούς οικισμούς στο εσωτερικό του νησιού, προσφέροντας μεγαλύτερη ασφάλεια στους κατοίκους. Το 1207, το νησί πέρασε στα χέρια του Μάρκου Σανούδου και των Ενετών, σηματοδοτώντας την αρχή μιας χρυσής εποχής για τη Νάξο ως ισχυρό δουκάτο. Η ενετική παρουσία αποτυπώνεται στα πολυάριθμα πύργια που συναντά κανείς σε όλο το νησί, καθώς και στο εμβληματικό Κάστρο της Χώρας.

Η ενετική περίοδος ολοκληρώνεται το 1537 με την κατάληψη της Νάξου από τους Οθωμανούς και τον Μπαρμπαρόσα, έως την Ελληνική Επανάσταση του 1821 και την ενσωμάτωση του νησιού στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος το 1830.